Versnellen van een fokwaardeberekening

In de veeteelt is het van belang om een inschatting te maken hoe waardevol een dier is om een bepaalde eigenschap te fokken. Daarvoor wordt het concept van fokwaarde gebruikt: hoe hoger deze waarde, hoe waardevoller een dier is om mee te fokken. De fokwaarde wordt bepaald op basis van genetische eigenschappen en hoe die in dieren tot uiting komen. De berekening is enorm en slimme onderzoekers van Wageningen Livestock Research hebben methoden bedacht om dat zo handig mogelijk te doen.

Om te zien of dat toch nog beter zou kunnen is VORtech gevraagd om mee te kijken. Onze collega Maarten Bosmans wist er toch nog een factor twee qua rekensnelheid uit te persen. Daarmee duurt de berekening nu nog ‘maar’ 12 uur op de snelste parallelle hardware die beschikbaar was.

Deze versnelling werd bereikt door een matrix-matrix vermenigvuldiging te implementeren die specifiek gericht is op dit probleem. Die implementatie is sneller dan de veel gebruikte Math Kernel Library (MKL) routine die door Intel zelf ontwikkeld is om optimaal gebruik te maken van de hardware. Dit laat eens te meer zien dat er met slimme algoritmiek soms meer te bereiken is dan met alleen optimaal gebruik van de hardware. Het werk is gepubliceerd op BioMedCentral onder de titel “Computational strategies for the preconditioned conjugate gradient method applied to ssSNPBLUP, with an application to a multivariate maternal model”